原告招标，被告的投标价是600万，原告分别发出600万和400万的中标通知书，双方按照400万的合同金额签订合同，合同文件中工程承建项目是招标文件中工程项目的一部分，该建设工程合同是否有效？

    通过招标方式签订建设工程合同，招标方将与中标方按照中标通知书，签订正式的建设工程合同。而中标通知书本身只是双方订立正式合同的依据。从招投标实践来看，招标方与中标方在签订正式的合同时，往往还会通过协商变更、修改中标通知书中的某些内容（如工程项目、造价、总价），因此正式签订的合同与中标通知书不一致的，应当以双方正式签订的合同为准。本案被告中标以后，与发标方也即原告平等协商签订了建设工程合同，合同是真实意思表示，符合有关法律规定，当然是有效的。

    导致引起争议的原因是两个中标通知，一个600万中标，一个400万中标。但双方是按照400万中标来签订建设工程合同的，而且正式签订的承包合同并没有违反法律强制性规定，当然是有效的。虽然曾经有过另一个600万中标的通知，但当事人没有按照600万中标的通知签订合同，所以该中标的通知被废弃了。须知双方履行合同的依据是建设工程合同而不是招标通知，招标通知只是签订合同的参考，即使只有一个金额、一个通知，当事人在签订正式合同仍然可以对中标金额进行协商变更。并且案中也说到最后正式签订的"合同文件中工程承建项目是招标文件中工程项目的一部分"，这就说明双方当事人按照400万金额签订合同，是完全合理的。绝不能仅仅因为有过两个中标通知，有过两个中标金额，而否定双方正式签订并履行的建设工程合同的效力。